شيخ، با همراهانش در سال 1221 قمري براي زيارت مشهد امام هشتم در خراسان، از راه نجف و كربلا به سوي ايران رهسپار گشت و مدتي در شهرهاي يزد و اصفهان اقامت كرد. در اين ميان عالمان روحاني شيعي و مردم، احترام و استقبال بسياري از او كردند و از او درخواست كردند كه براي هميشه در يزد بماند؛ از اين رو، شيخ پس از انجام زيارت مشهد دوباره به يزد برگشت، مدتي در آنجا ماند و در اين مدت، آوازه ي شهرت و دانش و پارسائيش به همه ي شهرهاي شيعي رسيد و در آنجا مجلس درس و بحث داير كرد و بيشتر تأليفاتش را در آنجا انجام داد و در اندك مدتي، عقايد و نظريات تازه اش در ايران انتشار يافت و فتحعلي شاه قاجار مريد او گشت و خواهان زيارتش شد.