با مسيحى شدن قسطنطنى قيصر روم در آغاز قرن چهارم ميلادى ، اندك اندك كليسا نيرو گرفت و دخالت در سياست را آغاز كرد و اين دخالت رو به افزايش نهاد. در سال 800 م . پاپ رهبر مسيحيان تاج شارلمانى پادشاه فرانسه را بر سر او گذاشت و با اين كار امپراطورى مقدس روم را بنياد نهاد. از اين زمان ، دخالت صريح روحانيون مسيحى در سياست شروع شد. جنگهاى صليبى و محكمه تفتيش در اين دوره بود و اين دخالتها سال 1806 رسما ادامه يافت .
يكى از ناگوارترين حوادث چند قرن اخير اين است كه هرگاه دانشمندان و انديشمندان مغرب زمين قدمى به سوى ترقى و پيشرفت برداشتند، فرياد اعتراض ارباب كليسا بلند شد. اين رفتار ناپسند چهره تابناك دين را تيره كرد و مردم را وادار ساخت كه بر كليسا بشورند.
بر اثر دخالتهاى نارواى كليسا در امور سياسى و اجتماعى مردم ، دانشمندان و انديشمندان مغرب زمين به اين نتيجه رسيدند كه دخالت دين در سياست تنها به نفع پدران روحانى است و عامه مردم از آن زيان مى بينند. مردم نيز كه از فشارهاى كليسا ناراضى بودند، اين انديشه را پسنديدند و پس از سالها مبارزه فكرى و مسلحانه توانستند خود را از قيد كليسا برهانند.
نوشته هاى علوم سياسى در اروپاى قرون وسطى درباره اينكه كدام يك از كليساى كاتوليك رومى و پادشاهى مقدس روم برتر است ، بحث مى كرد. در قرن سيزدهم توماس آكويناس در كتاب خلاصه الاهيات از نقش كليسا دفاع كرد و در قرن چهاردهم دانته اليگيرى در كتاب پيرامون سلطنت از مسيحيت متحد زير فرمان امپراتور و پاپ سخن گفت .
براثر فشار امپراتور فيليپ چهارم ، مقر پاپ در سال 1309 م .از رم ايتاليا
به شهرآوينيون در فرانسه منتقل شد و اين وضع تا سال 1377 م . يعنى قريب هفتاد سال ادامه يافت و از باب تشبيه به تبعيد يهوديان به بابل در قرن ششم قبل از ميلاد، آن را تبعيد بابلى پاپها ناميدند.
هنگامى كه مقر پاپى به رم برگردانده شد، باز هم پاپهايى در آوينيون برخاستند كه بعدا ناپاپ ناميده شدند. اين مساءله كه انشقاق بزرگ ناميده مى شود، از سال 1377 م . تا 1417 م . يعنى چهل سال ادامه يافت .
در اوايل قرن پانزدهم بر اثر شدت گرفتن اختلافات ، سه پاپ در كليساى كاتوليكها به رقابت برخاستند، زيرا علاوه بر پاپ رم به نام گرگورى دوازدهم و ناپاپ آوينيون به نام بنديكت سوم ، امپراطور فرد سومى را به پاپى برگزيد كه جان بيست و سوم ناميده شد. بدين شيوه ، مسيحيت در برابر سه مدعى قرار گرفت كه هر يك خود را بر حق مى دانست و دو حريف ديگر را بر باطل . شوراى كنستانس (1414-1418) كه براى بررسى اين مساءله و برخى مسائل ديگر تشكيل شد، در سال 1417 هر سه مدعى را بركنار كرد و پاپ رهنمود داد كه براى كسب قدرت اصول اخلاقى را در نظر نگيرند.
در قرن شانزدهم نيكولو ماكياولى در كتاب لوياتان گفت كه قدرت حاكم نبايد محدود شود؛ زيرا قدرت وى از قرارداد اجتماعى نشاءت مى گيرد و براساس آن حكومت موظف به تاءمين امنيت اجتماعى و فراهم كردن خواسته هاى مردم است . در همان قرن جان لاك بر اين موضوع پافشارى كرد و گفت هرگاه حكومتى از انجام تعهدات خود در قبال مردم سرباز زند، بايد آن را سرنگون كرد.
قدرت سياسى پاپ پس از سالها آرامش ، در اواخر قرن هجدهم رو به كاستى نهاد. رهبران فرانسه و ايتاليا از طريق نظامى و مراجعه به آراى عمومى ، كاخها و املاك پاپ را گرفتند و به فرمانروايى سياسى وى پايان دادند.
تسليم كردن پاپها كار آسانى نبود. از اين رو، دولت ايتاليا در قانون تضمينات (18 اكتبر 1870) شمارى از كاخها را به پاپ برگرداند و ملزم شد گونه اى حق سياسى براى وى قائل شود.
پاپ قانون تضمينات را نپذيرفت و اين امر موجب قطع روابط واتيكان با دولت ايتاليا به مدت شصت سال شد. سرانجام پس از سه سال مذاكره ، معاهده لاتران (11 فوريه 1929) بين واتيكان و ايتاليا به امضا رسيد و مساءله رم حل شد.
معاهده جديدى در آوريل 1984 بين واتيكان و ايتاليا به امضا رسيد و جايگزين معاهده لاتران شد.