سرانجام كليسا برپا و استوار شد، اسقفان هر يك از كليساهاى محلى را بر عهده گرفتند، به معاونت آنان اقدام كردند و شماسان علاوه بر تكفل امور سالخوردگان و بينوايان ، به انواع گوناگون نيكوكارى پيدا شدند كه براى خدمت به كليسا و استوارى آن از نعمتهاى الهى برخوردار شده بودند: ايشان مبشران ، شبانان ، معلمان و رسولانى بودند كه با الهام روح خدا سخن مى گفتند. افرادى نيز قدرت معجزه كردن ، شفا دادن بيماران و سخن گفتن به زبانهاى مختلف را در خود داشتند.
موضع دولت روم در برابر كليساگاهى مسالمت آميز بود، ولى غالبا حاكمان رومى به آزار مؤ منان مى پرداختند و در نتيجه افراد بسيارى مانند پطرس و پولس كشته شدند.
اندك اندك با گذشت زمان برخى مراكز اهميتى ويژه و قدرتى مخصوص ‍ پيدا كردند: رم ، اورشليم ، اسكندريه و انطاكيه . امور مذهبى اين چهار شهر به عهده پاتريكها گذاشته شده بود. همچنين در مناطق ياد شده قلمروهايى فرعى به نام قلمرو اسقف ايجاد شدند كه زير فرمان اسقفان قرار داشتند (كلمه يونانى (اسقف ) به معناى ناظر است ). در قرن چهارم هنگامى كه قسطنطين (استانبول ) را بنا كرد، اين شهر نيز در زمره اماكن مهمى قرار گرفت كه رهبرى كليساى آن در دست يك پاتريك بود.
در روزگار قسطنطين (م .337 ميلادى ) جامعه مسيحيت از يك گروه مورد آزار قدرتهاى امپراطورى روم به كليساى دولتى تحول يافت و حكومت آن را به رسميت شناخت . بر اثر اين تحول ، تغيير و دگرگونى بزرگى كليسا پديد آمد و بيشتر مردم در امپراطورى بيزانس و امپراطورى روم ، به استثناى يهود، دست كم در ظاهر به مسيحيت در آمدند .هنگامى كه جدايى بين كليساهاى شرق و غرب كامل شد هر يك از آن دو منطقه مستقلا مراسم عبادى ، فلسفه ، الهيات و سنت خود را شكل داد. همچنين كليساى قبطى در مصر، كليساى سريانى در سوريه و كليساى نسطورى در عراق و ايران سنتهاى قديمى خود را شكل دادند.
هنگامى كه در اوايل قرن هفتم ميلادى دين اسلام در جزيرة العرب ظهور كرد و حاكمان مسلمانان اداره امور مناطق مسيحى نشين در مصر، شام ، بين النهرين و شمال آفريقا را در دست گرفتند، مسيحيان لازم دانستند به دين اسلام با ديده احترام بنگرند و مسلمانان را ياراى ايمان و هموطن ، بلكه غالبا حاكم خود قبول كنند. از سوى ديگر، يوحناى دمشقى كه در عصر امويان مى زيست ، نخستين كتاب مسيحى را كه به بررسى اعتقادات اسلامى مى پرداخت ، به رشته تحرير درآورد.
در قرنهاى يازدهم تا سيزدهم ، دولتهاى اروپايى جنگهاى صليبى را به راه انداختند و بر اثر آن ، دشمنى و نفرت نه تنها بين مسلمانان و مسيحيان ، بلكه بين مسيحيان غرب اروپا و مسيحيان بيزانسى تا به امروز بر جاى مانده است . ويرانگريها، شكنجه ها و كشتارهايى كه مسيحيان در هجوم به قدس (1099 م .) و قسطنطنيه (1204 م .) از خود بروز دادند، بدترين تاءثير را هم نزد مسلمانان و هم نزد مسيحيان شرق باقى گذاشت .