پلورالیسم به معنای مدارا با حفظ ادعای حقانیت خود
از نظر فقه شيعه، حكم اهل كتاب، موقتى بوده و تا زمان ظهور حضرت مهدى (عجل ا...تعالى فرجه الشريف) ادامه دارد، با ظهور آن حضرت، اين حكم نسخ خواهد شد. به جهت مصالح اهم و مهم، حكم نسخ شده به مردم اعلام نگرديده، زيرا در شرايطى كه جهان اسلام با كفر مطلق و الحاد و كسانى كه هيچ وجه اشتراكى با اسلام در توحيد، نبوت و معاد ندارند، رو به رو است؛ اگر اهل كتاب پذيرفتند  كه مقدسات اسلامى را در جامعه رعايت كنند و جزيه بپردازند، با آنان مدارا مى‏شود.
البته آنان در ميان خود، تا جايى كه ارتباط با مسائل اجتماعى همگانى نداشته باشد، مى‏توانند احكام دينى خود را اجرا كنند. اين موضوع، يك حكم ارفاقى براى كسانى است كه به اسلام نزديك هستند و توحيد و نبوت را قبول دارند يا مثل مسيحيان، كه همه انبياء، به جز پيامبر اسلام صلى ا...عليه و آله را قبول دارند. ما احكام دينى مشترك، فراوان داريم. در قرآن آیاتی آمده است كه مانند آن در تورات و انجیل نيز وجود داردمانند آیه شریفه: «انَّ النَّفْسَ بِالنَّفْسِ وَالْعَيْنِ بِالْعَيْنِ وَالْانْفَ بِالْانْفِ وَالْأُذُنَ بِالْأُذُنِ.» ترجمه : جان در مقابل جان، و چشم در مقابل چشم، و بينى در برابر بينى، و گوش در مقابل گوش، و دندان در برابر دندان مى‏باشد و هر زخمى، قصاص دارد و اگر كسى آن را ببخشد (و از قصاص، صرف نظر كند)، كفاره (گناهان) او محسوب مى‏شود و هر كس به احكامى كه خدا نازل كرده حكم نكند، ستمگر است.
اسلام در عصر غيبت، اجازه داده است كه با آنان مدارا شود، البته اين مدارا، بدان معنا نيست كه آنها نيز مثل اسلام‏اند و هر كسى خواست مسلمان يا مسيحى و يا يهودى شود، بلكه آنان بايد مسلمان شوند ولى در عمل، با آنان مدارا شده است. براين اساس، معناى پلوراليزم، همان است كه در عمل با ساير اديان و مذاهب مدارا ‏كنيم و براى مسلمان شدن، به جنگ با آنان برنخيزيم. بلكه بگوييم: دين مسيحيت نيز دين حقى بوده است ولى در آن انحراف بوجود آمده است. اين مفهوم از پلوراليزم، در اسلام مورد قبول و اسلام آن را وضع كرده است و پذيرفتن اهل كتاب و به رسميت شناختن اقليت‏هاى دینی در جمهورى اسلامى ایران بر اين اساس است. در اين راستا، از مظاهر بسيار زيباى حكومت شيعى جمهورى اسلامى ایران ، رفتار با مذاهب اسلامى است. اقليت اهل تسنن در كشور ما محترم‏اند و جان و مال آنان، مانند شيعيان، محفوظ است. پس اين مفهوم از پلوراليزم در اسلام مطلوب است.