در سال 709 هجرى در زمان حكومت و پادشاهى سلطان محمد خدابنده كه يازدهمين پادشاه ايلخانان است ، مذهب شيعه در كشور ايران رسميت پيدا كرد. سلطان محمد خدا بنده كه قبلا بر مذهب اهل سنت و جماعت بود، در اثر مباحثه مرحوم علامه حلى با علماى اهل سنت درباره طلاق همسر سلطان و استدلالات مرحوم علامه حلى بر بطلان سه طلاق در يك مجلس ، به شيعه و مذهب فقهى اهلبيت عليه السلام گرائيد، و چون مورد علاقه شديد شيعيان قرار گرفت ، او را (خدا بنده ) ناميدند، ولى سنى ها به خاطر كينه اى كه از او به دل گرفتند او را (خربنده ) ناميدند! علامه حلى رضوان الله تعالى عليه مورد عنايت و توجه سلطان محمد خدا بنده قرار گرفت و سلطان محمد دستور داد تا در سرتاسر كشور ايران مذهب فقهى جعفرى رسميت داشته باشد، علامه مجلسى گفته است كه چندين ساختمان از آثار عصر شاه خدابنده باقى مانده است كه در آنها نام مقدس دوازده امام عليهم السلام كتيبه شده است .
سلطان محمد خدابنده چون به مذهب شيعه گرويد، دستور داد نام سه خليفه (ابوبكر و عمر و عثمان ) را از سكه ها برداشتند و در ترويج و گسترش مذهب تشيع كوشش فراوان كرد. و چون به تبريز رفت ، پس از جلوس بر تخت سلطنت به لقب (الجايتو) يعنى پادشاه آمرزيده ، ملقب شد و دستور داد كه در سكه هاى جديد، در يك طرف آنها نام مقدس محمد و ائمه طاهرين و در طرف ديگر آن ها، ( السلطان الاعظم مالك الرقاب الامم الجايتو سلطان غياث الدين و الدنيا خدابنده محمد خلد الله ملكه ) را نقش نمودند.(186)
استاد مشكور در اين باره مى گويد: تا پيش از دولت صفويه در ايران شيعه غير رسمى بود و مذهب اقليت بشمار مى رفت و كوشش پادشاه آل بويه كه در قرن چهارم هجرى بر بعضى از ولايات ايران فرمانروايى داشتند و معتقد به مذهب شيعه اماميه بودند، در رسمى نمودن آن مذهب به علت مخالفت خلفاى بغداد كه نفوذ دينى و سياسى بسيار در ايران داشتند به جايى نرسيد، ولى پس از سقوط خلافت بغداد به دست هلاكوى مغول در سال 656 هجرى ، يكى از ايلخانان مغول به نام سلطان محمد خدابنده موقتا مذهب شيعه اماميه را پذيرفت و در سكه و خطبه نام مقدس ائمه شيعه را آورد و نقش نمود، ولى باز رسمى شدن آن مذهب عقيم ماند. ليكن گروه شيعيان در پرده دامنه نفوذ خود را بين مردم شهرهاى ايران هر روز گسترده تر مى نمودند، تا اينكه خانواده اى شيعى مذهب به نام سربدارن در اواسط قرن هشتم هجرى توانست كه حكومتى اثنى عشرى در شهر سبزوار كه در آن روز اكثر مردمش شيعه بودند تاسيس نمايد و نيز سادات مرعشى ، حكومت شيعى در مازندران تشكيل دادند. جهانشاه از پادشاهان قراقويونلو كه در قرن نهم هجرى در آذربايجان حكومت مى كردند، به شيعه بودن خود افتخار مى نمود و قبل از آمدن و ظهور صفويه ، بعضى از شهرهاى ايران چون قم ، كاشان و سبزوار و آوه معروف به شهرهاى شيعه نشين بودند، و اكثر مردمان آنها به آن مذهب باور داشتند.
شاه اسماعيل صفوى كه به دست گروهى از صفويان قزلباش كه مذهب شيعه داشتند روى كار آمده بود و در سال 907 هجرى بر اريكه پادشاهى ايران جلوس كرد، عليرغم سلطان سليم پادشاه پر قدرت عثمانى كه به بهانه ادعاى خلافت اسلام در نظر داشت كه از اين رهگذر بر مسلمانان ايران حكومت كند... شاه اسماعيل براى جلوگيرى از نفوذ سلطان سليم از همان ابتدا پادشاهى خود مذهب جعفرى را بجاى مذهب اهل سنت در سراسر كشور گسترش داد و روش و احكام مذهب تشيع را اساس سياست و دولت خود قرار داد و گفتن : اشهد ان عليا ولى الله - و حى على خير العمل را در اذان و اقامه عملى نمود و رواج داد.
و اكثر سنيان ايران كه از بيم شاه اسماعيل چاره اى جز تسليم نداشتند طوعا و كرها آن مذهب را قبول نمودند و در كوتاه ترين مدت ، مذهب شيعه اثنى عشرى بيشتر ولايات ايران را گرفت و از آن زمان تاكنون كه در حدود 500 سال مى گذرد، شيعه جعفرى اثنى عشرى مذهب رسمى دولت و ملت ايران است . صفويه پس از رسميت دادن مذهب شيعه اثنى عشرى براى اينكه معارف جديدى جانشين معارف قديم سنى كرده باشند، در صدد بر آمدن كه فقهايى از جبل لبنان كه در آن روزگار مركز و مهد معارف شيعه و محل سكونت دانشمندان اين مذهب بود - و يا از احساء و بحرين كه در ساحل غربى خليج فارس قرار داشت ، جهت تعليم و آشنا نمودن مردم ايران به فقه خاندان رسالت و علم كلام شيعه به ايران دعوت نمايند و لذا دانشمندانى چون شيخ حر عاملى ره و بها الدين عاملى ره به ايران روى آوردند و امثال علامه مجلسى ره از شاگردان ايشان به شمار مى روند.
جهت اطلاع بيشتر درباره مذهب شيعه اثنى عشريه به اين كتب مراجعه شود:
1 - اصل الشيعه و اصولهاامام صادق عليه السلام 190
2 - اوائل المقالات فى المذاهب و المختارات
3 - بيان الاديان ص 40
4 - تذكره الائمه مرحوم مجلسى ص 156
5 - دايره المعارف الاسلاميه ج 1 ماده اثنى عشريه
6 - سرمايه ايمان ص 98
7 - عقيده الشيعه الاماميه ص 111
8 - غيبت شيخ طوسى ص 256
9- النكت الاعتقاديه باب تاريخ مذاهب الاسلام