در پى قتل عثمان ، مردم به امام على بن ابى طالب عليه السلام پناه آوردند و با آن حضرت بيعت كردند. امام (على ) در خطبه اى شرايط آن روز را بيان كرده است . اين خطبه كه معروف به (شقشقيه ) است ، بيانى شگفت از چگونگى كودتاى سقيفه و عملكرد كودتاچيان و رجوع مردم به آن حضرت پس از قتل عثمان بن عفان مى باشد:
( ... فما راعنى الا و الناس كعرف الضبع الى ، ينثالون على من كل جانب ، حتى لقد و طى ء الحسنان ، و شق عطفاى ، مجتمعين حولى كربيضة الغنم ... ) (75)
(پس (از قتل عثمان ) هيچ چيز مرا به زحمت نينداخت مگر ازدحام مردم كه مانند موى كفتار، پيرامونم از هر سو ريختند و هجوم آوردند، بطورى كه از شدت ازدحام آنان و كثرت جمعيت ، حسن و حسين زير دست و پا رفتند و دو سوى رداى من پاره شد. اطراف مرا گرفتند، مانند اجتماع گله گوسفند در آغل خود...) پس از بيعت با امام على فتنه ها از هر سو تاختن آغاز كرد و بقاياى باند كودتا به توطئه و فتنه گرى پرداختند:
( فلما نهضت بالامر نكثت طائفه و مرقت اخرى و قسط آخرون ... (76) )
پس از آن كه به امر خلافت پرداختم ، گروهى پيمان شكستند، و گروهى از بيعت با من سر پيچيدند و گروهى با ستم گرى از طاعت خدا بيرون رفتند...
خلاصه آنكه :
1 - يك گروه بطرف دارى از امام على عليه السلام فداكارى بسيار كردند و تا آخر پيرو آن حضرت بودند.
2 - گروه بسيارى بيطرفى اختيار نموده و گوشه اى نشستند. سران اين گروه افرادى چون : سعد بن ابى وقاص ، عبدالله بن عمر بن خطاب ، محمد بن مسلمه انصارى ، اسامه بن زيد، اخنف بن قيس و... بودند.
3 - گروهى به خونخواهى عثمان بن عفان و در مخالفت با امام على بن ابيطالب به فتنه گرى و توطئه پرداختند. اين گروه را عثمان مى گويند. سران اين گروه عبارت بودند از طلحه ، زبير، عايشه و... كه در جريان نبرد سركوب شدند. طلحه و زبير كشته شدند و بسيارى ديگر نيز به قتل رسيدند و تعدادى به معاويه پيوستند. سال 36 هجرى .
4 - گروه ديگرى كه معاويه بن ابى سفيان رهبرى آنان را بر عهده داشت ، به غارت شهرها و كشتار مردم مى پرداختند و سرانجام در نبرد صفين روياروى امام على عليه السلام قرار گرفتند (سال 37 هجرى ). نتيجه اين جنگ به حكميت كشيد. نتيجه اى كه ياران و سپاهيان خود امام على بر آن حضرت تحميل كردند و اندكى بعد از قبول آن ، از امام على مى خواستند تا حكميت تحميلى را رد كند. اين ياران مخالف حكميت ، گروه مارقين يا خوارج را تشكيل مى دهند.
5 - خوارج عليه امام على عليه السلام قيام كردند و در اطراف كوفه دست به غارت اموال و كشتن مسلمانان يازيدند.
آن حضرت هر چه در هدايت آنان كوشيد، نتيجه اى نبخشد و سرانجام كار به نبرد كشيد. در سال 39 هجرى نبرد نهروان رخ داد و گروه زيادى از خوارج كشته شدند. بقاياى اين گروه دست از عقايد خود بر نداشتند و به مخالفت و ستيز با امام على ادامه دادند. خوارج معتقد بودند كه چون امام على حكميت را پذيرفته ، از دين خارج شده و بايد توبه كند.
به خوارج يا مارقين شراه نيز گفته مى شود. وجه تسميه آن چنين است كه بنا به اعتقادشان ، آنان جان خود را براى دريافت پاداش از خداوند در سراى ديگر مى فروختند و جان بازى مى كردند و به اين آيه شريفه قرآن استناد مى كردند: ( و من الناس من يشترى نفسه ابتغا مرضات الله ) (77)
خوارج (على و عثمان و معاويه ) را كافر مى دانستند. و معتقد بودند كه لازم نيست جانشينان پيامبر اسلام عرب زبان و از قبيله قريش باشند. شرط خلافت را داشتن تقوى و شجاعت و عدالت مى دانستند.