در پى فشارهاى بسيار، مهاجرت به حبشه آغاز شد. به دستور پيامبر گروهى از مسلمانان به حبشه مهاجرت كردند. تعداد اين مهاجران در تواريخ مختلف است .
اين هجرت مخفيانه و شبانه صورت گرفت . اندكى بعد گروه دوم مهاجرين راهى حبشه شدند. كفار قريش وقتى از هجرت مسلمانان آگاه شدند، به فكر چاره افتاده و در تلاش بودند تا در حبشه مهاجران را تحويل گرفته ، به مكه بازگردانند. آنان نمايندگانى به دربار حبشه فرستاند و هدايائى ارسال داشتند. عمروبن عاص و عبدالله بن ربيعه سفراى كفار قريش بودند كه به دربار حبشه رفتند. آن دو در ملاقات با پادشاه حبشه از وى خواستند تا مهاجران را تحويل دهد. آنان به سلطان حبشه گفتند كه اين مهاجران ياغيانى هستند كه عليه دين آباء و اجدادى خود عصيان كردند و آئينى خلاف دين شما و ما آورده اند.
سلطان حبشه در ديدار بعدى ، نمايندگان مهاجران مسلمان را نيز به حضور طلبيد تا از صحت گفته هاى نمايندگان قريش مطلع شود. جعفربن ابى طالب سخنگوى مسلمانان مهاجر بود.
سلطان حبشه خطاب به او گفت : شما چرا از دين آباء و اجدادى خود بيرون رفته و دينى اختراع كرده ايد كه با دين ما و قريش ناسازگار است ؟
جعفربن ابى طالب در پاسخ گفت :
ما قومى بوديم نادان و بت پرست ، از حرام اجتناب نمى كرديم و به كارهاى زشت روى مى آورديم ، همسايگان را آزار مى داديم و ضعيفان محكوم زورمندان بودند و دائم در جنگ و خونريزى بوديم . تا كه يك نفر از ميان قوم كه صالح ترين و خوش سابقه ترين فرد ما بود، به فرمان الهى مبعوث به رسالت گرديد و عليه هر گونه ستم و تجاوز قيام نمود و ما را به توحيد و يكتاپرستى دعوت كرد و به راستى و درستى و تقوى ارشادمان فرمود...
سران مشرك و بت پرست مكه ما را شكنجه كردند و آزار و اذيت نمودند و ما به توصيه پيامبرمان به كشور حبشه پناهنده شديم .
سلطان حبشه تحت تاءثير سخنان جعفر بن ابيطالب قرار گرفت و على رغم اصرار نمايندگان قريش ، از تحويل آنان خوددارى كرد و به حمايت از آنان پرداخت . آنگاه سلطان حبشه كه مسيحى بود، از جعفر درباره عيسى پرسيد. جعفر آيات قرآن پيرامون عيسى را بر سلطان خواند. پادشاه خشنود گرديد.
گويا اين سئوال سلطان به خاطر تبليغات و شايعاتى بود كه نمايندگان قريش در رابطه با عيسى از زبان پيامبر كرده بودند. نمايندگان قريش ‍ مى كوشيدند تا هر طور شده ، نظر پادشاه حبشه را در مورد مهاجران عوض كنند. آنان به اطرفيان و درباريان شاه گفتند كه محمد صلى الله عليه و آله مطالب بدى درباره عيسى آورده است . جعفر بن ابيطالب مخصوصا به پادشاه خاطر نشان كرد كه : ( هو عبدالله و رسوله و روحه و كلمته القاها الى مريم البتول العذرا : ) عيسى بنده خدا و فرستاده او است و... اين ديدگاه پادشاه را خوش آمد و بر حمايت مهاجران افزود.
اين گروه از مسلمانان مهاجر پس از نبرد خيبر به مدينه بازگشتند. پيامبر از بازگشت جعفر بسيار خوشحال شد.
سران قريش مكه تصميم گرفتند كليه روابط قومى ، قبيله اى و اقتصادى خود را با خانواده بنى هاشم قطع كنند. اين توافق به صورت قطعنامه اى در آمد و بر ديوار كعبه آويخته شد. نتيجه اين اقدام ، محاصره اقتصادى و بايكوت مطلق محمد و پيروانش بود كه در شعب ابيطالب به مدت سه سال ادامه يافت . شعب ابوطالب دره اى بود در حومه مكه ، كه پيامبر و مسلمانان اوليه در اين دره محاصره بودند.
در اين سه سال بر محمد صلى الله عليه و آله و يارانش بسيار سخت گذشت . مقاومت شورانگيز ياران محمد صلى الله عليه و آله دشمن را به عقب نشينى واداشت . قريش محاصره را برداشتند. پس از اين حادثه بود كه اندكى بعد خديجه همسر پيامبر در گذشت . خديجه به هنگام مرگ 60 سال داشت . سه ماه بعد ابوطالب در گذشت . ابوطالب هشتاد سال عمر كرد.
محققان در توصيف محاصره پيامبر و يارانش مى گويند:
ساكنان شعب در زندان بودند. خروج از اين زندان منحصر به ايام حج بود. فشار اقتصادى بسيار دردناك بود و كودكان و سالمندان رنج بيشترى مى بردند. تلاشهاى ابوطالب براى شكستن محاصره تا حدودى موفق بود. قريش از انعكاس اجتماعى محاصره نگران بودند. مخصوصا رنج كودكان غير قابل تحمل مى نمود. گويا سران قريش دنبال بهانه اى بودند تا محاصره را لغو كنند. قطعنامه آويخته بر ديوار كعبه را موريانه جويده بود و اين بهانه خوبى براى ناديده گرفتن محاصره بود.