مانى اساس دوگانگى ((جوهر هستى )) را در دين خود حفظ كرد، ولى تعبيرات دور و دراز و عجيب و غريبى براى آن قائل شد. مانى مى گفت كه ((خداى روشنائى )) در كاخى با شكوه و جلال كه متناسب با جوهر وجودش است جاى دارد، در حالى كه تاريكى در محلى زشت جاى دارد. و او را نيز درخت مرگ گويند. در نظر او همه دنيا مركب از اين دو جوهر است ولى سه چهارم فضا يعنى خاور و باختر و شمال ، جزو قلمرو درخت زندگى است و درخت تاريكى فقط در بخش نيمروزى جهان ريشه دوانيده است .
خداى بزرگواريها پنج نشيمن دارد: ((حس ))، ((وجود))، ((انديشه ))، ((تخيل )) و ((اراده )). اين پنج نيرو لازمه وجود يك فكر سالم و استوار است .
((خداى )) مانى خدايى است غير از ((يهوه )) كتاب عهد عتيق ، ((خداى )) مانويان ((خداى روشنائى )) است و مظاهرى كه به نام مادر زندگى ، انسان نخستين و پيامبر و چيزهاى ديگر در آئين مانى آمده ، چيزى جز ظهور نيروى روشنائى نيست .
اين مظاهر جاودانى نيستند، زيرا كه به نظر مى رسد موجوديت آنها نتيجه نيازى است كه به مناسبتى بوجود آمده ؛ مانند ظهور فرشته خدا در بخشهاى نخستين عهد عتيق . مانى تضادى بين خدا و آفريده هاى او نمى ديد، تضاد براى او در قلمرو روشنائى و تاريكى مجسم بود.