چنانچه عرض شد درون مايه ي كتاب ايقان، اثبات مظهريت سيد باب است وبهاء الله در آن تاريخ خود را تابع و پيرو باب و جانشين او ازل مي شمرده است وبراي خويشتن هيچ مقامي قائل نبوده و خود را عبد و خادم فاني و باب را رب اعلي و سلطان السلاطين و ميرزا يحيي را مصدر امر و صبح ازلي مي ناميده است.
براي اثبات مظهريت باب، ميرزا حسينعلي روشي خاص را در پيش گرفته است كه در ذيل بدان مي پردازيم:
او دقيقاً عوامل عدم اقبال مردم به باب را شناسائي كرده وبراي آنها چاره انديشي نموده و راه حل ارائه داده است. او ديده بود عالمان و محققان نخستين مانع گرايش مردم به باب بودند زيرا بي سوادي او را حتي در ادبيات آشكار مي ساختند وتناقض گوئيهايش را نشان مي دادند و بطلان ادعاهايش را بر اساس شواهد قرآني و روائي مبرهن مي ساختند وروشنگري مي نمودند و مانع گرايش مردم به او مي شدند لذا در تمام باب اول از دوباب ايقان طي 58 صفحه چوب را برداشته وبه جان علما افتاده و آنهارا بزرگترين مانع و سد هدايت مردم شمرده و همه ايشان را جاه طلب و دين فروش گفته ازمردم خواسته است اصلاً دنبال عالمان نروند واگر مي خواهند به حقيقت وحقانيت باب برسند بايد گوش به حرف احدي از علما ندهند و به آنها متمسك نشوند كه اگر چنين كنند از درك حقيقت و وصول به سرچشمه ي حيات ومعرفت محجوب و محروم گردند.اگر هم علما شواهدي در رد باب آوردند اصلاً هيچ توجهي به آن نصوص و مطالب معقوله و منقوله در قرآن وروايات فراوان ديني ننمايند كه مثلاً قائم موعود را داراي ويژگي هائي شمرده كه هيچ كدامش در باب نيست و در اين زمينه حتي به ظواهر آيات و روايات هم استناد نكنند و بدون تكيه به هيچ عالم و نص و دليلي بيايند و حقانيت اين ظهور را بپذيرند و فوراً بابي شوند.
باب دوم از صفحه ي 58 تا پايان چاره جوئي براي دومين مشكل در سر راه گرايش مردم به باب است و آن همانا صراحت نصوص درباره ي ويژگي هاي قائم مبني بر سلطنت آشكار در روي زمين و ظهور عدل و داد و محو ظلم وستم و ايجاد حكومت سراسري توحيدي مي باشد.او براي رفع اين مشكل حكم داده همه ي اين نصوص را بايد از حالت ظاهر خارج نموده و معنوي بدانيم.مثلاً سلطنت قائم را ظاهري ندانيم و معنوي بدانيم وآن غلبه و نفوذ در قلوب است كه باب هم داشت وعده اي حاضر شدند در راه او كشته شوند.
پس سلطنت قائم (يعني باب) معنوي است نه ظاهري و همين طور ساير آيات و روايات را بايد معنوي دانست و از باب انتظار هيچ تغيير ظاهري در اوضاع جهان را نداشته باشيد و فوراً به او ايمان آوريد.و براي اين كار هم به همه آيات و روايات تعرض نموده با سفسطه و مغالطه و تحريف و كم و زياد كردن، آنها را با مقصود خود همراه كرده است.
بدين ترتيب ابتدا رابطه ي فرد را با علم و عالم در باب اول قطع نموده وسپس در باب دوم رابطه اش را با نصوص ديني هم بريده تا طبق آن نصوص از باب انتظار عدل گستري و ظلم بر اندازي از جهان را نداشته باشد و يكسر به حرف او تسليم شود و فوراً بابي گردد.