پس از آزادي بهاء از زندان، حكومت وقت تصميم گرفت كه حسينعلي بهاء و برادرش ميرزا يحيي را به عراق تبعيد كند تا ديگر مجالي براي اغتشاش نداشته باشند كه اين مطلب در «تلخيص تاريخ نبيل زرندي» اين گونه آمده است:
«حكومت ايران بعد از مشورت به حضرت بهاء الله امر كرد كه تا يك ماه ديگر ايران را ترك نمايند و به بغداد سفر كنند، قنسول روس چون اين خبر را شنيد از بهاء الله تقاضا كرد به روسيه بروند و دولت روس از آن حضرت پذيرايي خواهند نمود... بهاء الله قبول ننمودند و توجه به عراق را ترجيح دادند و در روز اول ماه ربيع الثاني 1269 هجري به بغداد عزيمت فرمودند، مأمورين دولت ايران و نمايندگان قنسول روس تا بغداد با حضرتش همراه بودند.»
و خود حسينعلي بهاء در كتاب «اشراقات» مي نويسد:
«اين مظلوم از ارض طاء (طهران) به امر حضرت سلطان به عراق عرب توجه نمود و از سفارت ايران و روس هر دو ملتزم ركاب بودند.»
و در جايي ديگر در همين كتاب مي نگارد:
«خرجنا من الوطن و معنا فرسان من جانب الدولة العلية الايرانية و دولة الروس الي ان وردنا العراق بالعزة و الاقتدار.»
حسينعلي بهاء پس از مدتي كه در بغداد ماند روانه سليمانيه شد و در آنجا درس هايي را از عرفان و تصوف فراگرفت (و مدتي به نام درويش محمد با لباس مبدل در سليمانيه به سر برد كه به شرح آن نمي پردازيم). دو سال بعد حسينعلي بهاء باز به بغداد برگشت و اين در حالي بود كه هنوز طوق بندگي و پيروي از برادرش ميرزا يحيي صبح ازل را بر گردن داشت و خود او در كتاب «ايقان» علت برگشتش را چنين ذكر مي كند:
«قسم به خدا كه مهاجرتم را خيال مهاجرت نبود، و مسافرتم را اميد مواصلت نه، و مقصود جز اين نبود كه محل اختلاف احباب شوم و مصدر انقلاب اصحاب نگردم... باري تا آن كه از مصدر امر (ميرزا يحيي) حكم رجوع صادر شد و لابدا تسليم نمودم و راجع شدم.»