در همين اثنا در روز يكشنبه 28 شوال 1268 ه.ق. شش نفر از بابي ها در قريه ي نياوران، مترصد آمدن شاه شده و وقتي او با همراهان از قصر خارج مي شود به عنوان تقديم عريضه جلو آمده وي را هدف تير تپانچه قرار مي دهند، ولي تيرها كارگر نشده، همراهان شاه رسيده و او را از خطر نجات مي دهند و چون در استنطاق و تحقيقاتي كه به عمل مي آيد معلوم مي شود كه حمله كنندگان بابي بوده اند دولت به تعقيب و دستگيري بابيان پرداخته و عده اي از اعاظم آنها از قبيل: شيخ علي معروف به عظيم و حاجي سليمان خان و آقا سيد حسن كتاب و حاجي ميرزا جاني كاشاني و ملا عبدالكريم قزويني را دستگير كرده و به قتل مي رسانند.
سرانجام قرة العين را نيز پس از استنطاق، در باغ ايلخاني - كه بعدا بانك استقراضي در خيابان فردوسي شد - به قتل رساندند.
آيتي در «كواكب الدريه» ماجرا را اين چنين تعريف مي كند:
«شش نفر از بابي ها متعصب كه از آن جمله ملا صادق ترك بود در نياوران شميران به طرف ناصر الدين شاه تيراندازي كردند و بعد نيز با قمه و غداره به شاه حمله بردند و او را مجروح نمودند ولي موفق به قتل ناصر الدين شاه نشدند. ناصر الدين شاه بعد از اين
واقعه در صدد دستگيري و نابودي بابي ها برآمد».
از جمله كساني كه پس از ترور ناصر الدين شاه، مورد تعقيب قرار گرفت حسينعلي نوري (بهاء الله) بود كه در لواسان به عنوان ميهماني به خانه ي صدر اعظم (ميرزا آغاخان نوري) رفته بود و هنگامي كه او را به دربار احضار كردند از لواسان به قصد نياوران و مقر حكومتي شاه حركت كرد ولي در بين راه در محل زرگنده به سفارت روس متوجه شده و به آنجا پناهنده شد.
اين جريان را شوقي افندي نوه ي دختري حسينعلي بهاء در «قرن بديع» خود شرح داده است و نيز در «تلخيص تاريخ نبيل زرندي» اين گونه نوشته شده است:
«حسينعلي بهاء پس از ترور شاه و توقيف عده اي از سران بهايي چند روز پنهان ماند و آنگاه از اختفاء بيرون آمد روز ديگر سواره به اردوي شاه كه در نياوران بود رفتند، در بين راه به سفارت روس كه در زرگنده نزديك نياوران بود رسيد. ميرزا مجيد، منشي سفارت روس (شوهر خواهر حسينعلي) از آن حضرت مهماني كرد و پذيرايي نمود. جمعي از خادمان حاجي عليخان حاجب الدوله، بهاء الله را شناختند و او را از توقف بهاء الله در منزل منشي سفارت روس آگاه ساختند، حاجب الدوله فورا مراتب را به عرض شاه رسانيد، ناصر الدين شاه فورا مأمور فرستاد تا بهاء الله را از سفارت روس تحويل گرفته به نزد شاه بياورند، سفير روس دالگوركي از تسليم بهاء الله به مأمور شاه امتناع ورزيد و به آن حضرت گفت: به منزل صدر اعظم برويد و كاغذي به صدر اعظم نوشت كه بايد
بهاء الله را از طرف من پذيرايي كني و در حفظ اين امانت بسيار كوشش نمايي و اگر آسيبي به بهاء الله برسد و حادثه اي رخ دهد شخص تو مسؤول سفارت روس خواهي بود».
در هر صورت، ميرزا حسينعلي بهاء را دستگير كرده و از طرف حكومت به زندان انداختند تا واقعه ي سوء قصد و مسبب اصلي آن مشخص شود ولي در اين حال هم باز پشتيباني سفارت روس باعث نجات وي از زندان شد چنانچه در «تلخيص تاريخ نبيل زرندي» آمده است:
«قنسول روس كه از دور و نزديك مراقب احوال او بود و از گرفتاري حضرت بهاء الله خبر داشت پيغامي شديد به صدر اعظم فرستاد و از او خواست كه با حضور نماينده قنسول روس و حكومت ايران تحقيقات كامل درباره بهاء الله به عمل آيد و شرح اقدامات و سؤال و جواب ها كه به وسيله نمايندگان به عمل مي آيد در ورقه نگاشته شود و حكم نهايي درباره ي آن محبوس بزرگوار اظهار گردد. صدر اعظم به نماينده قنسول وعده داد و گفت: در آينده ي نزديكي به اين كار اقدام خواهد كرد، آنگاه وقتي معين نمود كه نماينده قنسول روس با حاجب الدوله و نماينده دولت به سياه چال بروند. مقدمتا جناب عظيم (ملا شيخ علي ترشيزي) را طلب داشتند و از محرك اصلي و رئيس واقعي سؤال كردند، جناب عظيم گفتند: رئيس بابيه همان سيد باب بود كه او را در تبريز مصلوب ساختيد، من خودم اين خيال را مدت ها است در سر داشتم كه انتقام باب را بگيرم، محرك اصلي خود من هستم، اما ملا صادق تبريزي كه شاه را از
اسب كشيد، شاگرد شيريني فروش بيش نبود كه شيريني مي ساخت و مي فروخت و دو سال بود كه نوكر من بود و خواست كه انتقام مولاي خود را بگيرد ولي موفق نشد. چون اين اقرار را از عظيم شنيدند، قنسول و نماينده حكومت اقرار او را نوشته به ميرزا آقاخان خبر داد و در نتيجه حضرت بهاء الله از حبس خلاص شدند».
اما عزيه خانم خواهر بزرگ صبح ازل در رساله اي - در جواب لوح عمه ي عبدالبهاء كه به عمه ي خويش نوشته است و از اين كه عزيه خانم از ميرزا حسينعلي پيروي نكرده اظهار تأسف كرده است - با نام «تنبيه الغافلين» مي نويسد:
«... به گمانش (حسينعلي بهاء) اين كه اگر به شاه ايران زياني رساند زمانه او را به سرير سلطنت مي نشاند، غافل از اين كه رشته ي امور در دست قادري است كه در آب خاصيت آذر هلد و بر سر شباني تاج قيصر نهد، يوسف را از قعر چاه به عز و جاه رساند و بر سرير سلطنت و شاهي نشاند (تؤتي الملك من تشاء و تنزع الملك ممن تشاء تعز من تشاء و تذل من تشاء بيدك الخير انك علي كل شي ء قدير).
مدت ها اين خيال خام را در تنور خاطر مي پخت ولي به هيچ وسيله راه به مقصود نمي برد، هر قدر بعضي از درست بينان با كفايت و مآل انديشان باهوش و درايت كه از اين خيال خام آگاهي داشتند ايشان را از مبادرت به اين امر خطير ممانعت مي نمودند به جايي نمي رسيد و فايده و ثمره ي نمي بخشيد.
تا اين كه بعد از چندي كريم خان مافي را از زمره اصحاب و ثمره احباب بود خواستند و اين مطلب را با او در ميان آورده و او را تشويق بليغ و تأكيدي اكيد در انجام اين مرام نموده، پنجاه تومان نقد و اسب و شمشير و پيشرو خود را به خان مافي داده و او را براي انجام آن كار نافرجام مأمور نمودند و لابدا در سر وعده ي صدارت و سپهسالاري نيز به او داده و شايد در صورت قبول و تمكين نمودن او را هم تهديد به قتل و هلاك كرده هر چه بوده آن شخص هم يا از خوف جان و يا به طمع مال و منصب آن نقدينه و اسب و شمشير را برگرفته و خفيا به جانب اسلامبول عزيمت نموده پس از چند روزي معلوم شد كه آن پهلوان مافي خود را از مصاف معاف داشته و لواي هزيمت افراشته است.
چون جناب ميرزا ديدند به آن مقصودي كه مايل بودند نايل نشدند خواستند در اجراي خيال خود تجديد وسايل نمايند. محمد صادق تبريزي را كه از مؤمنين بيان بود و صاحب صدق و ايقان مدتها در خدمت جناب عظيم تربيت يافته به قدر لمحه از دايره خدمت سر بر نتافته، جاني براي قرباني در كف داشت و گوهر غلطاني براي نثار راه دوست در صدف هماره مكنون خاطرش اين بود براي جانان جان نثار كند و در راه دوست آنچه دارد ايثار نمايد.
بالجمله آن جوان با ايقان را به خدعه و فريب خواسته محفلي در اجراي خيال خود آراستند و او را در اين مطلب تحريص و تحريض بليغ نموده به اين عنوان كه حضرت ثمره ارواحنا فداه در اجراي اين قضيه مايل و مقرند و در انجام اين مرام همواره مصر و حال آن كه
كذب محض و افتراي صرف بوده است. بلكه بعد از اطلاع منع صريح فرمودند و جناب ميرزا نپذيرفتند.
بالجمله او نيز كمر جلادت بسته و به ديگران عزم نشسته كه گوي سبقت از ميدان همگنان ربايد و خود را مقبول حق و خلق نمايد زير همين قبه و اين بارگاه بالجمله آن بيچاره صادق را به سوي قربانگاه فرستاد و شد آنچه شد كه قلم از ذكر آن عاجز است اگر نديده ايد البته شنيده ايد كه آن فتنه دهماء صليم بزرگ و آن غوغاي عظماي ظلماي سترگ بر سر اهل بيان چه آورده و چه سوزنده آتش شعله وري افروخت...»