در سال 1264 شبي بعد از نصف شب مرحوم ملا محمد تقي كه مرجع تقليد قزوين بود براي خواندن نماز شب به مسجد رفت. مسجد خلوت بود. در حال سجده به خواندن مناجات خمسه عشر اشتغال داشت، ناگهان چند نفر بابي به مسجد ريختند. نخستين بار نيزه اي به پشت گردن او فرو بردند و سپس نيزه اي به دهان او فرو كردند. او براي رعايت نجس نشدن مسجد به هر زحمتي بود خود را به درب مسجد رساند و بيهوش شد. مردم خبر شدند و او را به خانه اش بردند و پس از دو روز شهيد شد. و هم اكنون قبر او در قزوين در كنار شاهزاده حسين عليه السلام قزوين به عنوان قبر شهيد ثالث معروف و ملجأ حاجتمندان است. و اين قسمت در «قصص العلماء» ذكر شده است. در كتاب «كواكب الدريه» آيتي نيز به تفصيل ذكر شده و در ذيل آن آمده است:
«بعضي گويند: در راه كه به مسجد مي رفته مورد حمله قرار گرفت و حمله كننده ميرزا صالح شيرازي و به قول بعضي ملا عبدالله بوده است».
پس از قتل ملا محمد تقي، قاتل مزبور و چند نفر از پيروان قرة العين را - كه عبارت بودند از: ملا ابراهيم محلاتي و شيخ صالح عرب و حاجي محمد علي و حاجي اسدالله - دستگير كرده و مجازات كردند.
اما قرة العين و چند بابي ديگر من جمله حسينعلي (بهاء) و يحيي (صبح ازل)، شبانه به طرف خراسان رهسپار شدند و در همين اثنا ملا محمد، شوهر وي نيز او را طلاق داد.