در اثر چنين كلمات و عقايدي بود كه علما بر آن شدند تا حكم به اعدام وي بدهند ولي با ديدن نوشتجات و رفتار جنون آميز او به علت
شبهه خلط دماغ و جنون رأي به اعدام وي ندادند ولي هر روز اغتشاشات و درگيري ها در بين شيعيان و بابيان بالا مي گرفت و منجر به كشته شدن جمعي كثير مي شد. بنابراين وزير كاردان و با كفايت وقت (مرحوم اميركبير) به خاطر رفع اين غائله تصميم به اعدام و تير باران سيد علي محمد باب گرفت و در سال 1266 در كنار خندق تبريز او را تير باران كردند.