پس از آن كه در مسجد وكيل شيراز توبه نامه خود را ابراز داشت چون توجه زيادي نسبت به مراقبت از او نمي شد با تماس مخفيانه اي با حاكم اصفهان كه شخصي به نام منوچهرخان گرجي بود از شيراز گريخته و به اصفهان رفت و ادعاهاي سابق خود را ادامه داد.
و اما درباره ي منوچهرخان، مهدي قلي خان زعيم الدوله تبريزي در كتاب «باب الابواب» چنين مي نويسد:
«ظاهرا مسلمان شدند و در باطن بدين مسيحي خود باقي بودند، چنين است شيوه ي اكثر مسيحياني كه در امور دول اسلامي دخالت مي كنند، براي رسيدن به مطلوب خود و گرفتن انتقام خون هايي كه از نژاد آنان به دست مسلمين ريخته شده است و ريختن تخم فتنه و فساد در ميان مسلمين ظاهرا مسلمان مي شدند و در حقيقت جاسوس دول مسيحي و شمشير برنده و آلت كوبنده دست آنها هستند ولي امراء اسلام از آنها غافل و به مكر و حيله آنان جاهلند، اين حقيقتي است كه از مراجعه و تتبع تاريخ دولت هاي اندلس و عثماني معلوم مي شود».
از تاريخ چنين برمي آيد كه منوچهرخان (معتمد الدوله) و برادرش كه هر دو از مسيحيان بودند در ظاهر از دين خويش برگشته و اظهار مسلماني كردند و پست هايي را به خود اختصاص دادند و اين مطلب را ميرزاجاني كاشاني در «نقطة الكاف» چنين مي نگارد:
«خلاصه آن كه مرحوم معتمد الدوله جان و مال و ايمان خود را در راه آن سلطان ممالك (سيد علي محمد) داد اما ايمانش را به اين
معني كه ظاهرا اگر چه قبول اسلام نموده بود ولي چون كه به سر اسلام برنخورده بود لهذا سرا هم از دين قبلي خود (مسيحيت) منقطع نگرديده».
و اما اين كه چگونه او و برادرش به اين پست ها حايز آمدند را (كينياز دالگوركي) سفير كبير روسيه در ايران در عصر قاجار در اعترافات خود كه در مجله شرق به عنوان يك نفر سياسي روحاني در اوت 1924 و 1925 چاپ شد اين گونه توضيح مي دهد:
«به حدي نفوذ ما در دربار ايران زياد شد كه هر چه مي خواستيم مي كرديم و به حدي من خودماني شده بودم كه در هر محفل و محضر مرا دعوت مي كردند، من هم واقعا مثل آخوندهاي صاحب نفوذ در امور دخالت مي كردم... باري هر يك از وزرا و امراي دولتي كه مناسبات آنها با ما خوب بود صاحب شغل خوب مي شدند. حكومت فارس كه با فيروز ميرزا بود به منوچهرخان معتمد الدوله واگذار و پشتكاري فارس به او شد. و الله وردي بيك گرجي كه محرم بود مهرداد همايوني گرديد.»
و در نوشته هايش راجع به آمدن سيد علي محمد به اصفهان اين طور مي نويسد:
«همين كه به من اطلاع رسيد كه (باب) وارد اصفهان شده يك نامه دوستانه به معتمد الدوله حكمران اصفهان نوشتم و سفارش سيد (باب) را نمودم كه از دوستان من و داراي كرامت است! از او نگهداري كنيد. الحق معتمد الدوله چندي از او خوب نگهداري كرد».
در اين هنگام طرفداران سيد علي محمد به بهانه ي حمايت از او در چند شهر دست به آشوب هايي زدند و موجب درگيري هايي با شيعيان شدند،
بنابراين حكومت وقت به منوچهرخان اعلام نمود كه سيد را دستگير كرده و به تهران روانه كند و او نيز به حيله ي خاصي سيد علي محمد را از اصفهان خارج كرده و ظاهرا به تهران روانه كرد ولي باز مخفيانه او را به اصفهان برگرداند و شش ماه در عمارت خورشيد از او حفاظت كرد. در «تاريخ نبيل زرندي» حيله منوچهرخان را به اين صورت توضيح مي دهد:
«پانصد سوار را مأمور كرد با حضرت باب! هنگام غروب آفتاب از اصفهان خارج شوند و به تهران عزيمت نمايند. ضمنا به رئيس سواران دستور داد كه پس از طي هر فرسنگي صد سوار را به اصفهان برگرداند و از بيست نفر آخر ده نفر را كه مورد اعتماد هستند نگه دارد و ده نفر ديگر را براي جمع آوري ماليات مأمور كند و آن ده نفر باقي مانده كه مور اعتماد بودند از راه غير معمولي به طوري كه كسي نفهمد باب را به اصفهان برگردانند و طوري بيايند كه قبل از طلوع صبح وارد شهر بشوند».
ولي اين وضع به زودي دگرگون شد و با فوت منوچهرخان حاكم جديد تصميم گرفت كه سيد علي محمد را روانه تهران كند، دالگوركي با اظهار تأسف از اين جريان مي نويسد:
«از بدبختي سيد، معتمد الدوله مرحوم شد! بيچاره سيد را گرفتند و به تهران روانه كردند، من هم به وسيله ي ميرزا حسينعلي (بهاء) و ميرزا يحيي (صبح ازل) و چند نفر ديگر در تهران هوو و جنجال راه انداختيم كه صاحب الامر را گرفته اند لذا دولت او را از كنار گرد روانه رباط كريم نموده و از آن جا به ماكو بردند ولي دوستان من آنچه ممكن بود تلاش كردند و جنجال راه انداختند».