پس از فوت شيخ احمد احسايى ، يكى از شاگردانش به نام سيد كاظم رشتى (1212 - 1259 ق .) جانشين او گرديد. سيد در جوانى به يزد رفت و به شيخ احمد پيوست و سپس به كربلا رهسپار شد و تا پايان عمر در آن شهر به تدريس و ترويج مكتب شيخيه مشغول بود. وى بالغ بر يكصد و پنجاه جلد كتاب و رساله نوشت كه غالبا با زبان رمزى و نامفهوم است . برخى معتقدند منشاء اكثر آراى نادرست شيخيه ، سيد كاظم رشتى است و احسايى بدانها اعتقاد نداشته است .(232)
يكى از شاگردان سيد كاظم ، ميرزاعلى محمد ملقب به باب بود كه پس از فوت سيد، مدعى جانشينى او شد و پس از آن ادعاى بابيت امام غايب و سپس ادعاى نبوت خويش را مطرح ساخت ، شرح عقايد او در بحث از فرقه بابيه ذكر خواهد شد.
ديگر شاگرد سيد كاظم ، حاج محمد كريم خان قاجار (1225 - 1288 ق .) فرزند حاج ابراهيم خان ظهيررالدولة پسر عمو و داماد فتحعلى شاه بود، كه مدعى جانشين سد گرديد و فرقه شيخيه كرمانيه را تاءسيس كرد. اين فرقه به نام كريمخانه نيز ناميده مى شود. پس از حاج محمد كريم خان ، اكثر شيخيه كرمان ، فرزندش محمد خان (1236 - 1324 ق .) را به عنوان رئيس شيخيه پذيرفتند؛ هر چند رحيم خان يكى ديگر از فرزندان حاج محمد كريم خان ، نيز مدعى نيابت پدر بود و طرفدارانى هم پيدا كرد. از ديگر مدعيان رهبرى شيخيه ، محمد باقر خندق آبادى ، نماينده حاج محمد كريمخان در همدان بود كه پيروانش فرقه شيخيه باقريه را در همدان ايجاد كردند. اكثريت شيخيه كرمانيه پس از محمد خان ، برادرش زين العابيدن خان (1260 - 1276 ق .) را به رهبرى خويش برگزيدند. پس از او ابوالقاسم خان ابراهيم و سپس عبدالرضا خان به رياست شيخيه كرمانيه برگزيده شدند. عبدالرضاخان ابراهيم و سپس عبدالرضا خان به رياست شيخيه كرمانيه برگزيده شدند. عبدالرضاخان در سال 1358 ش . ترور شد.(233)
در آذربايجان نيز علماى بزرگى به تبليغ و ترويج آراى شيخ احمد احسائى پرداختند. از علماى شيخيه آذربايجان ، سه طايفه مهم قابل ذكر است . نخستين طايفه شيخيه آذربايجان ، خانواده حجة الاسلام است بزرگ اين خاندان ميرزا محمد مامقانى معروف به حجة الاسلام (م . 1269 ق .) است كه نخستين عالم و مجتهد شيخى آذربايجان است . او مدتى شاگرد شيخ احمد احسائى بوده و از او اجازه روايت و اجتهاد دريافت كرد و نماينده وى در تبريز بود. او همان شخص است كه حكم تكفير و اعدام على محمد باب را در تبريز صادر كرد. حجة الاسلام سه فرزند دانشمند داشت كههر سه از مجتهدان شيخى تبريز به شمار مى رفتند و به لقب حجة السلام معروف بودند.
فرزند ارشد او ميرزا محمد حسين حجة الاسلام (م . 1313 ق .) نام داشت و از شاگردان ميرزا محمد باقر اسكويى بود. فرزند ميرزا محمد حسين حجة الاسلام ، ميرزا ابوالقاسم حجة السلام (م . 1362 ق .) آخرين فرد روحانى خانواده حجة السلام بود.
دومين طايفه شيخيه آذربايجان ، خانواده ثقة الاسلام است . ميرزا شفيع تبريزى معروف به ثقة الاسلام بزرگ اين خاندان است . وى از شاگردان شيخ احمد احسائى بوده است . فرزند او ميرزا موسى ثقة الاسلام نيز از علماى شيخيه تبريز بود. ميرزا على معروف به ثقة السلام دوم يا شهيد نيز از همين خانواده است . او در سال 1330 ق . به جرم مشروطه خواهى و مبارزه با روسها، به دست روسهاى اشغالگر تزارى در تبريز به دار آويخته شد. برادر او ميرزا محمد نيز از علماى شيخيه تبريز به شمار مى رفت .
سومين طايفه شيخيه آذربايجان ، خاندان احقاقى است . بزرگ اين خاندان ميرزا محمد باقر اسكويى (1230 - 1301ق .) مى باشد كه از مراجع فقه و داراى رساله عمليه بود. او شاگرد ميرزا حسن مشهور به گوهر (م .1266ق .) از شاگردان شيخ احمد احسائى و سيد كاظم رشتى ، بوده است . فرزند ميرزا محمد باقر، ميرزا موسى احقاقى (1279 - 1364 ق .) نيز از علما و مراجع بزرگ شيخيه است . او كتاببى تحت عنوان احقاق الحق نگاشت و در آن عقايد شيخيه را به تفصيل بيان نمود. پس از اين تاريخ ، او و خاندانش به احقاقى مشهور شدند. در اين كتاب برخى آراى شيخيه كرمان و محمد كريم خان مورد انتقاد و ابطال قرار گرفته است .(234)
از جمله فرزندان ميرزا موسى احقاقى ، ميرزا على ، ميرزا حسن و ميرزا محمد باقر هستند كه از علماى بزرگ شيخيه بودند. هم اينكه مركز اين گروه كشور كويت است و رياست آن را ميرزا حسن احقاقى بر عهده دارد كه مرجع فقهى شيخيه آذربايجان و اسكو مى باشد.(235)
شيخيه كرمان و آذربايجان در اعتقادات خود را پيرو آراى شيخ احمد احسايى و سيد كاظم رشتى مى دانند اما در فروغ دين و اعمال با يكديگر اختلاف نظر دارند.كرمانى ها از شيوه اخبارى گرى پيروى مى كنند و به تقليد از مراجع اعتقاد ندارند، امام شيخيه آذربايجان به اجتهاد و تقليد معتقدند و از مراجع تقليد خودشان پيروى مى كنند، البته در عقايد نيز شيخيه آذربايجان برخلاف شيخيه كرمان ، خود نيز به اجتهاد مى پردازند و آراى شيخ احمد و سيد كاظم را بر اساس تلقى خويش از احاديث تفسير مى كنند.
از ديگر اختلافات كرمانى ها و آذربايجانى ها مساءله ركن رابع است . شيخيه كرمان اصول دين را چهار اصل توحيد. نبوت ، امامت و ركن رابع مى دانند. مراد آنها از ركن رابع ، شيعه كامل است كه واسطه ميان شيعيان و امام غايب مى باشد.(236) اما شيخيه آذربايجان به شدت منكر اعتقاد به ركن رابع هستند.(237) و اصول دين را پنج اصل توحيد، نبوت ، معاد، عدل و امامت مى دانند. آنان چنين استدلال مى كنند كه شيخ احمد احسائى در ابتداى رساله حيوة النفس و سيد كاظم رشتى در رساله اصول عقايد، اصول دين را پنج اصل مذكور مى دانند و در هيچ يك از كتب و رسائل اين دو نفر نامى از ركن رابع برده نشده است .(238)