فاطميان همچون ديگر فرقه هاى اسماعيليه به تمايز ميان ظاهر و باطن دين معتقدند؛ ولى برخلاف قرامطه كه تنها باطن را مى پذيرند، و برخلاف اسماعيليان نخستين كه بر باطن و حقايق مكتوم در آن تاءكيد داشتند، اسماعيليان فاطمى ظاهر و باطن را مكمل يكديگر مى دانند و مراعات تعادل بين آن دو را واجب مى شمرند. از اين رو، نزد آنان دسترسى به حقيقت بدون شريعت امكان پذير نيست و حقيقت هميشه با شرايع و ظواهر دين مرتبط است . در مورد تفسير قرآن ، آنها امام اسماعيلى را ((قرآن ناطق )) و متن قرآن را ((قرآن صامت )) مى خواندند. آنان اقوال امامان خويش را به عنوان حديث قبول داشتند و به احاديث نبوى و امامان قبلى خود، به خصوص امام صادق عليه السلام احترام مى گذاشتند. قاضى نعمان بنيان گذار علم فقه اسماعيلى بود و از زمان عبيدالله مهدى اولين خليفه فاطمى تا هنگام مرگ خود در سال 363 ق مقامات مختلفى در دستگاه فاطميان داشت .
متفكران فرمطى همچون داعى نسفى و ابوحاتم رازى و ابويعقوب سجستانى نوعى جهان شناسى متاءثر از فلسفه نو افلاطونيان را تدوين كرده بودند كه مورد پذيرش تمام گروههاى قرمطى سرزمينهاى شرقى بود. اين جهان شناسى در زمان معز فاطمى مورد پذيرش اسماعيليان فاطمى نيز قرار گرفت . بر اين اساس ، خداوند، متعالى و به كلى ناشناختنى است . عقل كل ، نخستين مخلوق خداست و نفس كلى دومين مخلوق است كه از عقل منبعث شده است .نفس منبع هيولى و صورت است و از آن ، افلاك هفتگانه و ستارگانش صادر شده اند. در اثر حركتهاى افلاك و كواكب گرما و سرما وترى و خشكى به وجود آمده اند و از تركيب اينها عناصر مركب مانند خاك و آب پديدار گشته اند، و در مراحل بعدى گياهان و حيوانات و سپس انسان پديد آمده است . در دوره هاى بعد داعيان فاطمى مانند حميد الدين كرمانى و ناصر خسرو به اصلاح و تكميل اين جهان بينى پرداختند. در جهان شناسى كرمانى ده عقل جايگزين عقل و نفس شده است و اين مطلب تاءثير فلسفه ابن سينا و ديگر مشائيان مسلمان را نشان مى دهد. (134)
اسماعيليان براى امامت درجاتى را بيان كرده اند:
1.در بالاترين درجه امامت ، امام مقيم قرار دارد كه رسول ناطق را ارسال مى كند و به آن ((رب الوقت )) نيز مى گويند.
2.امام اساس كسى است كه همراه رسول ناطق مى آيد و ياور و امين او بوده و كارهاى اصلى رسالتى او را اجرا مى كند و ادامه مى دهد. سلسله امامان مستقر در نسل امام اساس قرار دارند.
3.امام مستقر، امامى است كه امام پس از خود را تعيين مى كند.
4.امام مستودع به نيابت از امام مستقر، شؤ ون امامت را اجرا مى كند. خلافت اين نوع امام محدود است و لذا امامت به صورت موروثى به فرزندش نمى رسد و حق تعيين امام بعدى را ندارد. گاه به امام مستودع ، ((نائب الامام )) نيز مى گويند. (135)