بر اساس مطالب بالا مى توان به ارتباط علم كلام و علم مذاهب پى برد. همان گونه كه گذشت ، علم مذاهب با روش تاريخى و نقلى به معرفى و توصيف مكاتب مختلف كلامى مى پردازد و تاريخ پيدايش هر مذهب و نيز آرا و عقايد آن را بررسى مى كند. اما علم كلام درباره اعتقادات اسلامى به شيوه عقلى - نقلى بحث مى كند و هدف اصلى آن استنباط عقايد اسلامى و دفاع از اين عقايد است و از همين جاست كه استدلال عقلى و نقلى نقش ‍ اصلى را در آن ايفا مى كند. بنابراين ، دو علم مورد بحث از لحاظ روش ، غايت و موضوع با يكديگر تفاوت دارند. روش علم كلام روش عقلى - نقلى است در حالى كه روش علم مذاهب صرفا روش نقلى و تاريخى است . غايت علم كلام استنباط عقايد اسلامى و دفاع از آنهاست . حال آنكه غايت علم مذاهب معرفى مكاتب اعتقادى مى باشد. موضوع علم كلام ، اعتقادات دينى و موضوع علم مذاهب ، فرقه هاى اعتقادى است .