در كتاب قصص العلماء نقل شده: در سال 1264 ه. ق، شبي بعد از نصف شب مرحوم ملا محمدتقي كه مرجع تقليد در قزوين بود، براي خواندن نماز شب به مسجد رفت، مسجد خلوت بود، در حال سجده كه به خواندن مناجات خمسة عشر اشتغال داشت، ناگهان چند نفر بابي به مسجد ريختند، نخستين بار نيزه اي به پشت گردن او فروبردند، و سپس نيزه اي به دهان او فرو كردند و سپس هشت زخم ديگر به بدن او وارد آوردند و فرار كردند، او براي رعايت نجس نشدن مسجد به هر زحمتي بود خود را به در مسجد رساند و بي هوش شد، مردم باخبر شدند، او را به خانه اش بردند و پس از دو روز شهيد شد، قبر او در بيرون مرقد مطهر امام زاده حسين عليه السلام در قزوين به عنوان قبر شهيد ثالث معروف و ملجأ حاجتمندان است.
و بعضي گويند: در راه كه به مسجد مي رفته مورد حمله قرار گرفت، و حمله كننده، ميرزا صالح شيرازي و به قول بعضي ملا عبدالله بوده است، چنان كه آواره در كتاب الكواكب الدريه (مطبعة العربيه به مصر) صفحه 207 اين مطلب را به تفصيل آورده است.