بدان كه اولاد آن حضرت بنابر آنچه شيخ مفيد و طبرسى و ديگران ذكر كرده اند از ذكور و انـاث هـفـت نـفـرند: ابوعبداللّه جعفر بن محمّد عليه السلام و عبداللّه كه از مخدّره نجيبه جناب ام فروه بنت قاسم بن محمّد بن ابى بكر بودند، و ابراهيم و عبيداللّه كه از ام حكيم بـودنـد و هـر دو در ايـام حيات پدر بزرگوارشان وفات كردند، و على و زينب و ام سلمه كه از ام ولد بودند و بعضى گفته اند كه امّ سلمه از مادر ديگر بوده .(113)
شيخ مفيد رحمه اللّه فرموده كه عبداللّه در فضل و صلاح مشاراليه بود، و روايت شده كه داخـل شد بر مردى از بنى اميه ، آن مرد اموى خواست او را بكشد، عبداللّه گفت : مرا مكش تا مـن از بـراى تـو شـفاعت كنم نزد خداى ، اموى گفت : تو را اين مقام و مرتبه نيست پس او را زهر داد و شهيد كرد انتهى .(114)
و عـبـداللّه را پـسـرى اسـت اسـمـاعـيـل نـام كـه عـلمـاء رجـال او را از اصـحاب حضرت صادق عليه السلام شمرده اند، و در ( شرح كافى ملاّ خليل ) است كه عبداللّه پسر امام محمدباقر عليه السلام را دخترى بوده مكنّاة به ( امّ خـيـر ) كـه بئرامّ خير در مدينه منسوب به او است ، و تاج الدّين ابن زهره حسين در ( غـايـة الا خـتـصـار فـى اءخـبـار البـيـوتـات العـلويـّه ) گفته كه على پسر امام محمدباقر عليه السلام دخترى داشت فاطمه نام تزويج كرد او را حضرت امام موسى كاظم عليه السلام و قبر على در بغداد در محله جفعريه در ظاهر سور بغداد واقع است .
محب الدّين بن نجار مورخ در تاريخ خود گفته مشهد (مزار) طاهر در جعفريه است و گفته آن قـريـه اى اسـت از اعمال خالص نزديك بغداد، ظاهر شد در آن قبرى قديم و بر آن سنگى بود كه بر آن نوشته شد:
بـِسـْمِ اللّهِ الْرَّحـْمنِ الرَّحيمِ هذا ضَريحُ الطّاهِرِ عَلِىَّ بْنِ مُحَمَّد بِنْ عَلىِّ بْنِ الْحُسَيْنِ بِنِ عَلىِّ بِنِ اَبى طالِبٍ عليهم السلام .
و بـقيه از او جدا شده بود پس بنا كردند بر آن قبه اى از خشت ، پس از آن تعمير كرد آن را عـلى بـن نـعـيـم شـيخى از مستوفيان كه كتابت ديوان خالص با او بود و آراست و زينت كـرد آن را و قـنـديلهايى از مس بر آن آويزان كرد و در آن صحنى گشاده بنا كرد، پس او بـعـد از اين تعميرات يكى از مشاهد مزارات گشت . تاج الدّين گفته كه آن مشهد در زمان ما مـجـهـول و خـراب اسـت و جـمـاعـتـى از فـقـراء در آنـجـا منازل دارند و نزديك است كه آثارش محو و نابود شود.(115)
مؤ لف گويد: آنكه مشهور است در زمان ما قبر على بن محمدالباقر عليه السلام در ناحيه كـاشـان در مـشـهـد اردهـال اسـت و مـعـروف اسـت بـه شاهزاده سلطانعلى ، و تاءييد مى كند بودنش را در اين مشهد آنچه در ( بحرالا نساب ) است كه فرمود:
عـَلِىُّ بـْنُ مـُحـَمَّدٍ الْبـاقِرِ عَليه السلام لَم يَعْقِبُ سِوى بِنْتٍ وَ دُفِنَ فى ناحِيَةِ كاشان بِقَرْيَةٍ يُقالُ لَها باركوسْب فى مَشْهَدٍ انتهى .
و از فـاضـل خـبـيـر آمـيـرزا عـبـداللّه صـاحـب ( ريـاض العـلمـاء ) نـيـز نـقـل شـده كـه فرمود قبر على بن محمّدالباقر عليه السلام در حوالى بلده كاشان است و بـر او اسـت قـبـه رفـيـعـه و از براى او است كرامات ظاهره و در اصفهان نزديك مسجد شاه بقعه و مزارى است به نام احمد بن على بن امام محمّدالباقر عليه السلام و سنگى در آنجا اسـت بـه خـط كـوفـى بـر آن نـوشـتـه اسـت : بـِسْمِ اللّهِ الرَّحْمانِ الرَّحيمِ كُلُّ نَفْسٍ بِما كَسَبَتْ رَهينَةٌ. هذا قَبْرُ احمد بْن عَلىّ بن مُحَمَّدالباقر عليه السلام وَ تَجاوَزْ عن سَيِئاتِهِ وَ الْحـَقـْهُ بـِالصـّالِحـيـنَ و در بـيـرون بـقـعـه سـنـگـى اسـت مـسـتـطـيـل بر آن نقش است آمين ربّ العالمين .
به تاريخ سَنة ثَلث وَ سِتّينَ وَ خَمْسماءةَ و نزديك اين امام زاده است قبر مرحوم عالم فاضل فقيه نبيه جناب آقا شيخ محمّد تقى معروف بـه آقـا نـجـفـى در بـقـعـه بزرگى با قبّه عاليه ـ اَسْكَنَهُ اللّهُ فى جَنَّةٍ ـ و صاحب ( روضـات الجنّات ) در ترجمه امير سيد محمدتقى كاشى پشت مشهدى گفته كه در پشت مـحـمـدبـاقـر عـليـه السـلام و بـعـضى گفته كه منسوب است به يكى از اولادهاى حضرت موسى بن جعفر عليه السلام و اسمش حبيب است واللّه العالم .(116)
و امّ سلمه زوجه محمّد ارقط بن عبداللّه الباهر بن امام زين العابدين عليه السلام بوده و او مـادر اسـمـاعـيـل بـن مـحـمـّد ارقـط است كه با ابوالسّرايا خروج كرده ، كَذا فى بَعْضِ الْمُشَجّرات .(117)