آغاز پيدايش اين دانش به روزگارى باز مى گردد كه در امت اسلامى انشعابات مذهبى پديد آمد و مذاهب اسلامى به اندازه اى افزايش يافت كه ضرورت بررسى آنها احساس شد. در واقع ، علم مذاهب متناسب با رشد مذاهب ، كمال يافت . كتابهايى كه ابتدا در اين زمينه نگاشته شد درباره يك يا چند مذهب اسلامى و شاخه هاى آن بود، اما به تدريج كه از يك سو تعداد مذاهب فزونى گرفت و از سوى ديگر حجم مطالب و عقايد مذاهب بيشتر شد، كتابهاى علم مذاهب اسلامى نيز گسترده تر و حجيم تر گرديد. نقل شده است كه در عهد مهدى عباسى در قرن دوم هجرى كتابى در مورد فرق اسلامى نوشته شد. اگر اين گزارش درست باشد، همين سده را بايد آغاز علم مذاهب دانست . (3) آنچه مسلم است در قرن سوم كتابهايى در زمينه فرق اسلامى نوشته شده است . از اين ميان مى توان به كتاب فرق الشيعه تاءليف حسن بن موسى نوبختى و كتاب المقالات و الفرق تاءليف سعد بن عبدالله اشعرى قمى ، كه هر دو مؤ لف از متكلمان اماميه در قرن سوم به شمار مى روند، اشاره كرد. كتاب مقالات الاسلاميين و اختلاف المصلين تاءليف ابوالحسن اشعرى (م .330 ق .) مؤ سس مذهب اشعرى كه يكى از مهمترين و قديمى ترين كتابهاى فرق و مذاهب است در اواخر قرن سوم يا اوايل قرن چهارم نگاشته شده است . به طور كلى ، كتابهايى كه در مورد ملل و نحل نوشته شده اند به سه قسم تقسيم مى شوند:
الف ) كتابهايى كه درصدد معرفى همه مذاهب و فرق موجود اعم از مذاهب اسلامى يا غير اسلامى هستند. از اين دست مى توان به كتابهاى الملل و النحل شهرستانى (م . 479 ق .) و الفصل فى الملل و الاهواء و النحل تاءليف ابن حزم (م . 456 ق .) اشاره كرد.
ب ) كتابهايى كه درباره مذاهب اسلامى نوشته شده اند. مقالات الاسلاميين اشعرى و الفرق بين الفرق بغدادى (م . 429 ق .) از اين دست مى باشند. بيشتر كتابهاى ملل و نحل در اين دسته مى گنجد.
ج ) كتابهايى كه به معرفى يكى از مذاهب اسلامى و شاخه هاى فرعى آن پرداخته اند. فرق الشيعه نوبختى و المقالات والفرق اشعرى قمى نمونه هايى از اين نوع مى باشند كه اختصاص به فرقه هاى شيعى دارد.