پس از حاج محمدكريم خان ، شيخيه به چند فرقه تقسيم شدند:
1- فرقه باقريه ؛ پيروان محمدباقر خندق آبادى كه ابتدا نماينده محمد كريم خان در همدان بود و سپس دعوى استقلال كرد.
2- فرقه شيخيه آذربايجان ؛ پيروان ميرزا شفيع ثقة الاسلام تبريزى (م 1301 ق ) را شيخيه ثقة الاسلاميه گويند.
3- فرقه شيخيه حجة الاسلاميه ؛ پيروان ميرزا محمد مامقانى از شاگردان سيد كاظم رشتى .
4- فرقه شيخيه عميدالاسلامية ؛ اين فرقه با شيخيه تبريز اختلاف مشرب دارند ولى يكى هستند.
5- فرقه شيخيه احقاقيه ؛ پيروان ملا باقر اسكوئى هستند كه از فضلاى شيخيه در كربلا بود. او كتابى به نام (احقاق الحق و ابطال الباطل ) عليه (محمد كريم خان كرمانى ) نوشت و معروف به احقاقى شد.