پس از مدتي كه هر دو برادر در بغداد به سر بردند ناگاه بين آنان اختلافات و منازعاتي در گرفت و هر كدام ديگري را متهم به چيزي ساختند و اين مشاجرات چندان زياد شد كه حسينعلي سر از فرمان برادرش تافت و او را متهم به تصرف در حريم سيد علي محمد باب كرد چنان كه در كتاب «بديع» مي گويد:
«علت و سبب كدورت جمال ابهي (حسينعلي) از ميرزا يحيي و الله الذي لا اله الا هو اين بود كه در حرم نقطه ي (سيد علي محمد) روح ما سواه فداه تصرف نمود. با اين كه در كل كتب سماوي حرام است، و بي شرمي او به مقامي رسيد كه... دست تعدي به حرم مظهر مليك علام (باب) گشود، فاف له و لوفائه، و كاش به نفس خود قناعت مي نمود، بلكه او بعد از ارتكاب خود وقف مشركين نمود و جميع اهل بيان شنيده، مي دانند سيئات او را.»
به موجب اين سخن و اتهام، حسينعلي برادرش را مرتد از دين باب و طرفداران او را مشرك ناميد و از همين جا عده اي از بابيان از راه ميرزا يحيي برگشتند و به سوي حسينعلي متمايل شدند و عده اي هم بر همان راه باقي مانده و ميرزا يحيي را رها نكردند. دولت عثماني كه اين اختلاف و كشمكش را نمي توانست در بغداد تحمل كند آنان را به «ادرنه» روانه كرد، اما در آنجا نيز تنور مخامصه و مجادله گرم بود تا جايي كه فحاشي هاي دو برادر به يكديگر شدت گرفت، چنان كه خود حسينعلي در «بديع» به اين مطلب اذعان نموده كه:
«افتضاحي در اين ارض برپا شد كه يكي از قنسول هاي اين ارض تعجب كرد و به شخصي ذكر نمود كه امر عجيبي واقع شده و جميع اعاجم (عجم ها) به شماتت برخاستند كه در اين طايفه عفت و عصمت نيست.»
و در جايي ديگر مي گويد:
«... مسلم است كه ازل (ميرزا يحيي) به اكل و شرب و تصرف در ابكار و نساء مشغول بوده و اعمالي كه والله خجالت مي كشم از ذكرش، مرتكب.»
و به تبع اين سخنان پيروان اين دو برادر هم اتهاماتي را متوجه يكديگر ساختند چنان كه اشراق خاوري در كتاب «رحيق مختوم» مي نويسد:
«بر اثر زهر، ارتعاش حاصل شد و دست هاي حضرت بهاء الله تا آخر حيات مي لرزيد.»
و اين سخن به اين جهت گفته شده كه بهائيان معتقدند ميرزا يحيي به قصد كشتن برادر به او زهر خورانيده است.