پس از اين جلسه ي محاكمه، باب در نوشته اي خطاب به محمدشاه اين گونه مي نويسد:
«فداك روحي، الحمدلله كما هو اهله و مستحقه كه ظهورات فضل و رحمت خود را بر كافه ي عباد خود شامل گردانيده، بحمدالله ثم حمدا كه مثل آن حضرت را ينبوع رأفت و رحمت خود فرمود، كه
به ظهور عطوفتش تفقد از بندگان و تستر بر مجرمان و ترحم بر ياغيان فرموده، اشهد الله من عنده كه اين بنده ضعيف را قصدي نيست كه خلاف رضاي خداوند و اسلام و اهل ولايت او باشد. اگر چه بنفسه وجودم ذنب صرف است ولي چون قلبم موقن به توحيد خداوند جل ذكره و نبوت رسول الله صلي الله عليه و آله و ولايت اهل ولايت اوست و لسانم مقر بر كل ما نزل من عند الله است اميد رحمت او را دارم و مطلقا خلاف رضاي حق را نخواسته ام و اگر كلماتي كه خلاف رضاي او بود از قلم جاري شد غرضم عصيان نبوده و در هر حال مستغفر و تائبم حضرت او را، و اين بنده را مطلقا علمي نيست كه منوط به ادعايي باشد و استغفر الله ربي و اتوب اليه من ان ينسب الي امر، و بعضي مناجات و كلمات كه از لسان جاري شد دليلش بر هيچ امري نيست و مدعاي نيابت خاصه حضرت حجة الله عليه السلام را ادعاي مبطل مي دانم و اين بنده را چنين ادعايي نبوده و نه ادعاي ديگر، مستدعي از الطاف حضرت شاهنشاهي و آن حضرت چنان است كه اين دعاگو را به الطاف و عنايات و بساط رأفت و رحمت خود سرافراز فرمايند». والسلام.
و اين توبه نامه هم اكنون در مجلس شورا به خط خود او موجود است و مستر براوون نيز در كتاب «مواد تحقيق درباره مذهب باب» آن را كليشه كرده است.
در هر حال پس از اين توبه نامه باز او را به زندان برگرداندند. اما اين امر سبب آن نشد كه سيد علي محمد دست از ادعاهاي خود بردارد و دوباره سعي در پراكنده نمودن افكار و عقايد خويش به بيرون از زندان نمود.