اعتقادات
از جمله عقاید شیعه که برقعی به نقد آن پرداخته، مسئله توسل به اهل بیت (علیهم‌السلام) است. برقعی با مشرک دانستن شیعیان، ادله و نظرات شیعه پیرامون توسل به اهل بیت (علیهم‌السلام) را خرافات می‌داند و معتقد است فقط به زنده می‌توان متوسل شد. در حالی که اگر توسل به مرده شرک باشد، به زنده نیز شرک است.
برقعی از روحانیون معاصر شیعه که عمده اندیشه وی، ترکیبی از قرآن بسندگی و نفی عقاید شیعه است، با ترجمه تلخیص کتاب «منهاج السنة» مدعی خرافات در شیعه شد. وی توسل اولیاء را شبیه عبادت بتها توسط مشرکین دانست. در حالی که در توسل عبادت غیرخدا صورت نمی‌پذیرد.
ابوالفضل برقعی مدعی انحصار هدایت بشر در قرآن است؛ وی برای این ادعا، هم دلیل قرآنی و هم روایی ذکر کرده است. پاسخ این است که استناد به روایت خلاف نظرش است و آیاتی که بر خلاف عقیده او حکم می‌کند، مطرح نمی‌کند.
قلمداران از قرآنیون شیعی معاصر ایران است که برای احادیث، اهمیتی قائل نیست و قرآن را برای فهم اسلام کافی می‌داند. او روایات شیعه را نقد کرده و آنها را مردود می‌خواند. یکی از اعتقادات مهم شیعیان، مسأله امامت است. وی در آثارش از جمله کتاب شاهراه اتّحاد، مسأله امامت ائمه (علیهم‌السلام) را نقد کرده، در خلافت بلافصل امیرالمؤمنین و نصب الهی ایشان تردید می‌کند.