صفی علیشاه
یکی از این کانونهای جدی که در ایران هدف فراماسونرها قرار گرفت، حلقه های دراویش و زاویه ها و خانقاه های صوفیه بود. علی خان ظهیرالدوله قاجار، داماد ناصرالدین شاه که به جانشینی "صفی علیشاه " رسیده بود، با اخذ فرمانی از مظفرالدین شاه، قبل از صدور فرمان مشروطیت به‌طور رسمی انجمن اخوت را تأسیس کرد.
بزرگان صوفیه هرکدام تفسیری مطابق با افکار و عقاید صوفیانه شخصی و فرقه‌ای خود از کلمه صراط و صراط مستقیم دارند. حسن بصری در مورد آیه اهدنا الصراط المستقیم عقیده شخصی خود را برگزیده و معتقد است که صراط مستقیم رسول خدا و خلفاء راشدین بعد از او می‌باشند. صفی علیشاه منظور از صراط مستقیم را طریقت نعمت اللهی دانسته است. اما در تفاسیر شیعه صراط مستقیم، به آیین الله، قرآن، اسلام، پیامبر و امامان راستین تفسیر شده است
نزاع بر سر جانشینی رحمت علیشاه منجر به یکی از جالب‌ترین انقطاع‌ها در سلسله صوفیان نعمت اللهی شده است. جایی که صفی علیشاه بعد از مرگ رحمت علیشاه، دست بیعت به سعادت علیشاه می‌دهد ولی بعد از برآورده نشدن انتظاراتش دست از بیعت با او برداشته و دست بیعت به منورعلیشاه می‌دهد و در ادبیاتی عجیب سعادت علیشاه را زندیق جاهل خطاب می‌کند. اما بعد از ادعای قطبیت بارها در سخنان خود دم از ادب می‌زند.
اکثر فرق صوفی با شروع فرقه گرایی و بحث مراد و مریدی در کتب خود به جایگاه و مقام قطب و پیر پرداخته‌اند. فرقه صفی علیشاهی نیز از این امر مستثنی نبوده و خود صفی علیشاه بارها در کتب خود به معرفی جایگاه قطب پرداخته است. کما اینکه معتقد است در زمان غیبت وجود قطب باید از وجود امام کافی باشد یا اینکه قطب را در شریعت خلیفه پیامبر (ص) و در طریقت نائب مناب علی (ع) می‌داند و ادعاهای دیگر.
تصوف را باید جریانی فرا فرقه‌ای دانست و این مطلب از ارتباط بزرگان صوفیه همچون صفی علیشاه و ظهیرالدوله به‌عنوان قطب دوم فرقه صفی علیشاهی با تشکیلات فراماسونر کاملا روشن می‌شود. ارتباط صوفیان با فراماسونرها تا زمان پهلوی نیز ادامه پیدا می‌کند. چنانچه گزارشی از ساواک به وابستگی پیروان فرقه صوفیه سلطان علیشاهی با تشکیلات فراماسونر اشاره می‌کند.
خمس یکی از فرایض اسلامی که طبق نص صریح و تاکید قرآن، در دین اسلام از جایگاه خاصی برخوردار است. با این وجود، برخی از صوفیان خمس را دستخوش بدعت کرده و آن را تبدیل به عشر کرده‌اند. ایشان علاوه بر ایجاد بدعت در مقدار خمس، در مصرف آن هم دخل و تصرف نموده‌اند.
صفی علیشاه مشایخی را که بر سر جانشینی قطبی دچار نزاع و اختلاف می‌شوند و همدیگر را انکار می‌کنند، را مذمت کرده و آن‌ها را از درجه ارشاد ساقط می‌داند. این در حالی است که خود صفی علیشاه بر سر جانشینی رحمت علیشاه با مشایخ دیگر به‌نزاع پرداخت و حتی سعادت علیشاه را زندیق جاهل خواند.
درحالی‌که فرقه های نعمت اللهی شرط اثبات قطبیت را داشتن اجازه نامه از طرف قطب قبلی می‌دانند که صفی علیشاه بدون داشتن این اجازه، ادعای قطبیت کرد و در کمال تعجب، مدعی شد اجازه نامه دارد ولی نه از طرف رحمت علیشاه، بلکه از طرف خداوند بوسیله خطابی که به او شده و از طرف امام علی (علیه السلام) در خواب.
یکی از عقاید صوفیان که مخالف عقیده شیعیان بوده و کاملا مردود است، ادعای بی‌نیازی از امام زمان (علیه‌السلام) در زمان غیبت است، که وجود قطب را کافی از وجود امام معصوم دانسته و اطاعت از او را بر خود واجب می‌دانند.