به شیعه اتهام می‌زنند که آنان امیرالمؤمنین(ع) را خدا می‌دانند و برای اثبات آن به تفسیر یک آیه مثال می‌زنند؛ در پاسخ گفته می‌شود تأویل یک آیه غیر از معنای ظاهری آیه است و در آیه مذکور، کلمه رب، بر حضرت تأویل شده است که از نظر لغوی مانعی ندارد. لفظ مختص خداوند «رب» است اگر مطلق و به تنهایی بیاید و بر «رب» مضاف، معانی غیر خدا نیز اطلاق می‌گردد.

با توجه به اسناد معتبر قرآنی و روایی، پیامبر (ص) قبل از آنکه از دنیا بروند، حکومت را به امیرالمؤمنین (ع) تحویل دادند و ایشان را به عنوان جانشین و وصی خود منصوب کردند. در آیه 55 سوره مائده، خدای رحمان به ولایت خود و پیامبر(ص) و امیرالمؤمنین (ع) بر سایر مسلمانان اشاره کرده و این ولایت دلالت بر امر و نهی دارد که از ویژگی‌های حاکم است.

حديث «تشبيه» يا «اشباه» حديثى كه از نظر سند، صحیح و از جهت دلالت به امامت، در غايت استوارى است. حديث «تشبيه» در بردارنده اين حقيقت است كه ويژگي‌هاى والا و صفات كريمانه‌‏اى كه در پيامبران الهی پراكنده شده، در سرور ما اميرالمؤمنين (عليه‌السلام) يكجا فراهم آمده است.

یکی از فضائل معروف اهل‌بیت داستان ایثارعلی و فاطمه و فرزندان آنان است که منجر به نزول سوره هل اتی درحق آنان گردید وجمع زیادی ازعلمای شیعه و سنی آن را نقل نموده‌اند. آنها بنا به نذری که برای شفای بیماری حسنین کرده بودند سه روز را روزه گرفتند بدون اینکه چیزی میل نمایند زیرا در هر سه شب افطاری خود را به نیازمندان انفاق کردند.

یکی از شبهاتی که از سوی وهابیون مطرح شده آن است که آیا رسول خدا (ص) و امیرمؤمنان (ع) اطلاع ازعهدشکنی مسلمانان و اصحاب خود داشتند؟ و در صورتی که اطلاع داشتند، چرا امر امامت توسط رسول خدا (ص) ابلاغ شد؟ در پاسخ باید گفت: پیامبر (ص) و امیرمؤمنان (ع) از نقض عهد و بیعت اطلاع داشتند، اما وظیفه الهی ایجاب می‌کرد که پیامبر (ص) به دستور خدای متعال ابلاغ امامت و خلافت را انجام دهند.

لقب امیرالمؤمنین پس از پیامبر (ص) اولین بار بر خلیفه دوم اطلاق شد. مردم برای بیعت با خلیفه دوم می گفتند: خلیفه خلیفه رسول خدا. عمر گفت این کلام طولانی است، شما مؤمنین هستید و من امیرتان، پس از این به بعد مرا امیرالمؤمنین بخوانید. خلفای بعد هم این لقب را به ارث بردند و خلفای بنی امیه و بنی عباس و نیز سرکردگان داعش و طالبان در عصر حاضر هر یک امیرالمؤمنین خوانده شدند.